למרות שהכול מסכימים כי קריאה היא נושא בעל חשיבות עליונה, משרד החינוך אינו בודק את יעילותן של השיטות הקיימות להוראת הקריאה. בשוק יש כיום כ-40 שיטות להוראת הקריאה, אבל אין גוף מוסמך ואמין שממליץ לבתי הספר באיזו שיטה לבחור והם צריכים להחליט על כך בעצמם. לעתים בתי ספר בוחרים בשיטה זו או אחרת באופן מקרי לחלוטין: מישהי הייתה בהשתלמות והתרשמה, המפקחת חושבת שכדאי להחליף שיטה, מנהל אגף החינוך בעירייה השיג דיל טוב עם סוכן של שיטה מסוימת, ועוד ועוד נימוקים שלא ממן העניין. משרד החינוך נוהג בעניין מרכזי זה כמשקיף מהצד. מלבד הנחיות כלליות בדבר חובת הימצאותם של רכיבים מסוימים בשיטה, למשרד אין 'אמירה' בדבר איכות השיטות ויעילותן. באופן עקרוני, עמדת המשרד היא שהבעיה בהוראת הקריאה אינה איכות השיטות, אלא התאמתן לתלמיד. יש תלמידים שיצליחו ללמוד לקרוא בשיטה אחת ואחרים – בשיטה אחרת, ולכן כל מה שהמורים צריכים לעשות – זה להתאים את השיטה לילד.
באותו אופן מתייחס משרד החינוך לשיטות להוראת המתמטיקה. לדידו אין שיטה טובה או רעה, והבעיה היא לא השיטה אלא המורים, השכלתם וכישורי ההוראה שלהם. מתברר כי גישה זו של משרד החינוך היא גישה מטעה ומכשילה. מתחקיר שפורסם ב"ידיעות אחרונות" בסוף השבוע האחרון עולה, ששיטת הוראת המתמטיקה, שבמשך שנים הומלצה על ידי מפקחי משרד החינוך, המכונה "שיטת הבדידים", היא השיטה שהלומדים בה הצליחו פחות מהלומדים בכל השיטות האחרות. מטעמים השמורים עמו, משרד החינוך לא פרסם את ממצאי הבדיקה למרות הכישלון המהדהד של ילדי מדינת ישראל במתמטיקה במבחנים הבין לאומיים.