היחס השלילי של המורים לרפורמה, עלול להביא למחסור חריף במורים, כך הזהיר כבר לפני יותר משנה פרופ' אברהם יוגב מאוניברסיטת תל אביב. יוגב ערך ניתוח של נתוני המורים בישראל כפי שהתפרסמו על ידי הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה, והוכיח כי בשנים האחרונות קיימת מגמה הולכת ומתרחבת של מחסור במורים צעירים בחטיבות העליונות, בייחוד במרכז הארץ, במקומות בהם יש להם אופציות תעסוקה חליפיות. המחסור קיים בכל תחומי ההוראה: יהדות אנגלית, אמנות, מוזיקה, מדעים – בייחוד פיזיקה וטכנולוגיה. רק בתחום הוראת הערבית והמחשב קיים איזון בין אחוז המורים הצעירים למבוגרים*. במקביל למחסור במורים צעירים, קיימת ירידה ניכרת במספר הצעירים הפונים להוראה. בבתי הספר לחינוך באוניברסיטאות, המכשירים בעיקר מורים לחטיבה העליונה, פחת באופן ניכר מספר הנרשמים למסלולי תעודת הוראה, ובמכללות למורים, המכשירות מורים לחינוך היסודי ולחטיבות הביניים, ירד מאוד מספר הנרשמים.
יוגב טוען, כי הרפורמה התעלמה ממחסור זה מפני שהנחת העבודה שלה היא שבשנים הקרובות לא יהיה צורך בתוספת מורים, היות שהמורים שכבר נמצאים במערכת יעבדו יותר שעות. אבל, כך הזהיר יוגב, הבלטת הצדדים השליליים של הרפורמה, גם אם בסופו של דבר ארגוני המורים יסכימו ליישומה, עלולה להביא לפרישה מוגברת של מורים, או אפילו למספר גלי פרישה.
שתי הקבוצות המועדות יותר מאחרות לפרישה הן המורים הצעירים והמורים הוותיקים. המורים הצעירים, ברובם מורות עם ילדים, עלולים להירתע מהחובה לעבוד עד השעה ארבע, ואילו המורים הוותיקים, עלולים להירתע מהפסד הגמולים שבעבר היוו נתח רציני משכרם.
הדרך היחידה למנוע החרפת המחסור המורים, כך ממליץ יוגב, היא ליישם את הרפורמה בזהירות ולהכשיר הרבה מורים צעירים. אם לאו - עלולה מערכת החינוך הישראלית להיקלע למשבר אליו נקלעו הרבה מאוד מדינות שחוללו רפורמות במערכות החינוך שלהן. אלא שבמדינות העולם, באירופה ובארה"ב, ניתן להתגבר על המחסור באמצעות יבוא מורים ואילו בארץ הדבר אינו אפשרי.
*"למי צלצלו הפעמונים", בקובץ "לקראת מהפיכה חינוכית", בעריכת דן ענבר, מכון ון ליר והוצאת הקיבוץ המאוחד, 2006