באוניברסיטת בן-גוריון החלו את תפקידם שני דיקנים חדשים: דיקן הפקולטה להנדסה, פרופ' גבי בן-דור, ופרופ' אמיר שגיא. פרופ' גבי בן-דור סיים לימודי תואר ראשון ושני בהצטיינות בהנדסת מכונות באוניברסיטת בן-גוריון. בשנת 1978 קיבל תואר דוקטור מהמכון ללימודי החלל של אוניברסיטת טורונטו. פרופ' בן-דור הצטרף למחלקה להנדסת מכונות של אוניברסיטת בן גוריון בשנת 1979 כמרצה. בשנת 1981 קודם לדרגת מרצה בכיר, בשנת 1985 לדרגת פרופסור חבר ומאז 1990 הוא פרופסור מן המניין. פרופסור בן-דור שירת כראש המחלקה להנדסת מכונות בין השנים 1987-1991, כדיקן הפקולטה למדעי ההנדסה בין השנים 1994-2000, וכמנהל המרכז לחקר ופיתוח טכנולוגיות מיגון, אותו יזם והקים, מאז 2006. פרופ' בן-דור מופקד על הקתדרה ע"ש מורטון וטובי מאואר לחקר גלי הלם מאז 2001. בן-דור זכה בפרס המחקר ע"ש פרופסור מאיר חנין ב-2001, בפרס רקטור אוניברסיטת בן-גוריון על היותו החוקר המצטיין של הפקולטה למדעי ההנדסה ב- 2006, ובפרס אוניברסיטת רומא על תרומתו לחקר דינמיקת הגזים ויישומה.
פרופ' אמיר שגיא סיים תואר ראשון ושני בהצטיינות באוניברסיטה העברית במדעי בעלי חיים ואוקינוגרפיה במסלול ביולוגיה ימית. בשנת 1989 קיבל תואר דוקטור מהמחלקה לביוכימיה במכון למדעי החיים של האוניברסיטה העברית במסגרת התכנית לחילופי סטודנטים עם אוניברסיטת קליפורניה. פרופ' שגיא הצטרף למחלקה למדעי החיים של אוניברסיטת בן-גוריון בשנת 1992 כמרצה. בשנת 1996 קודם לדרגת מרצה בכיר, בשנת 2001 לדרגת פרופסור חבר ומאז 2005 הוא פרופסור מן המניין. פרופסור שגיא זכה בשנים 1997 ו-2007 בפרסים על הצטיינות בהוראה מטעם אגודת הסטודנטים והפקולטה למדעי הטבע באוניברסיטת בן-גוריון. קבוצת המחקר שבראשה עומד פרופ' שגיא גילתה בשנים האחרונות גנים חדשים המקדדים להורמונים דמויי אינסולין הקשורים לבקרת המיניות, וקבוצת חלבונים בעלי תפקוד בביומינרליזציה בהקשר של משק הסידן.שגיא מעורב בפרויקטי מחקר יישומיים במדינות דרום מזרח אסיה, כויאטנם ותאילנד, ולאחרונה הוקם בהודו מרכז מחקר ופיתוח ייחודי ליישומיו בתחום המניפולציה הזוויגית בסרטנים במימון משרד התמ"ס ההודי.