מנהלת הראמ"ה, פרופ' מיכל בלר, טוענת כי אי אפשר להשוות את תוצאות המיצ"ב לשנים קודמות ולמעשה לא נכון היה לעשות זאת באף בחינת מיצ"ב שנערכה עד כה. הנימוק של בלר - מאז שהוכנסו מבחני המיצ"ב למערכת החינוך בתשס"ב לא נעשה כיול מקצועי שלהם. כשמדברים על כיול מתכוונים למעשה לכיוון של כלי המדידה, במקרה זה המיצ"ב, כך שימדוד בצורה נכונה והוגנת את מה שהוא אמור למדוד, וניתן יהיה להסיק מסקנות אמת מתוצאותיו. כך, למשל, ניתן להשוות בין תוצאות של בחינות שנערכו בשנים שונות רק אם הן היו שוות בכל המדדים והמשתנים; רמת הקושי שלהן חייבת להיות זהה וכך גם התכנים וגם המשתנים המאפיינים את אוכלוסיות הנבחנים. לדברי בלר, המיצ"בים עד כה לא עמדו בדרישות אלו.
מנהלת הראמ"ה ושרת החינוך, יולי תמיר, הצהירו במסיבת העיתונאים, כי הן אינן סבורות שהייתה יד מכוונת לכך שבחינות המיצ"ב לא עמדו בצורה ראויה ומקצועית מספיק בדרישות. לדברי תמיר, "הנתונים לא שיקפו את ההתנהלות בשטח, אבל לא הייתה כאן מגמתיות, אלא חוסר דיוק במדידה. השוו בין תפוחים ותפוזים במקום בין תפוחים ותפוחים".
תמיר ובלר מתחו ביקורת על התנהלות בחינות המיצ"ב עד כה. לטענת בלר, על סמך עבודות מדידה רבות שנים במערכות חינוך בכל העולם, אין זה ייתכן שיהיו קפיצות של 10% בהישגי התלמידים. פערים גדולים מצביעים על כך שלא נעשתה עבודת כיול מקצועית של הבחינות, או מעידה על טעויות במדידה. כדוגמה לכיול ומדידה תקינים, מביאה בלר את מערכת המשוב האמריקנית NAEP. מערכת זו מדדה לאורך 22 שנים את הישגי תלמידי כיתות ד' האמריקנים במתמטיקה. במשוב רואים קפיצות קלות בלבד של הגרף לכאן ולכאן. הביקורת כוונה בעיקר כלפי תוצאות המיצ"ב בתשס"ה, שבהן נרשמו עליות חדות בהישגי התלמידים. כך, למשל, עלו בבחינות אלו הישגי תלמידי כיתות ה' במגזר היהודי באנגלית ב-10 נקודות לעומת תשס"ד וב-14 נקודות במדעים. ציוני תלמידי המגזר הערבי במדעים בשנה זו עלו ב-12 נקודות ועוד.
גם בתשס"ו ניתן לראות תופעות של עליות וירידות תלולות כאלה בהישגי התלמידים במיצ"ב, למשל עלייה של 13 נקודות בציון בערבית בכיתות ח' במגזר הלא יהודי. מה שמצביע, כאמור, על מבחנים בלתי תקינים או תהליך מדידה לא ראוי.
המסקנה של בלר, בגיבוי שרת החינוך היא, שבשל הליקויים במיצ"ב לאורך חמש השנים האחרונות אי אפשר לדבר על מגמות בהישגי התלמידים. הראמ"ה תדאג לכך שבעיות כאלו לא יאפיינו את המיצ"ב החל משנה הבאה.
בלר מציינת מבחן שהונהג בתשס"ו וכבר עוצב כיאות. מדובר במבחן ברכישת הקריאה והכתיבה בעברית, שהתקיים השנה לראשונה בכיתות ב' במגזר היהודי. במבחן זה הוגדר לראשונה תקן או סטנדרט של ביצוע, המצביע על הוראה תקינה בכיתות. את התקן ניסחו מומחים להוראת השפה. התקן משקף את הידע בקריאה וכתיבה, שאמור להיות לתלמיד בתום כיתה א', אם התנהלה הוראה ברמה טובה. בכיתה כזאת יש לצפות שמרבית התלמידים יעמדו בתקן. מאפיין נוסף של הבחינה היה, שלא ניתן בה ציון כללי, אלא ציון נפרד לכל תחום של המקצוע, כמו הבנת הנקרא, שגיאות יסוד בהכתבה, קריאת מילים יחידות, שטף ודיוק בקריאה ועוד. המטרה הייתה שכל מנהל ומורה יידע מהן הנקודות החלשות של תלמידיו, כדי שניתן יהיה לעבוד על שיפורן. במבחן בהבנת הנקרא, למשל, עמדו בתקן 89% מהתלמידים ובמבחן בקריאת מילים יחידות - 96%. במבחן גם נבדקה רמתם של תלמידי החינוך המיוחד, המשולבים בחינוך הרגיל. בהבנת הנקרא היה הציון 56% ובקריאת מילים יחידות 84%.
מבחן דומה, אך ללא הגדרת סטנדרט ביצוע תקין, נערך בשפה הערבית לתלמידי כיתות ב' במגזר הערבי. המבחן מצא קשיים חמורים בקרב התלמידים הערבים; הציון הממוצע בהבנת הנקרא, למשל, היה 63 בלבד ובהבעה בכתב - 54. לדברי שרת החינוך, התייעצות עם מומחים העלתה, כי קיימת בעיה ייחודית לשפה הערבית, הנובעת מההבדל העצום שבין הערבית המדוברת והספרותית. התלמיד מגיע לכיתה א' ונדרש למעשה ללמוד שפה זרה. בנוסף נדרשים התלמידים הערבים ללמוד עברית ואנגלית, כך שהם לומדים למעשה שלוש שפות זרות בביה"ס.
לגבי שאלוני האקלים הבית ספרי בתשס"ו אומרת בלר, כי הם מראים על ירידה קלה באלימות ועלייה קלה בשביעות הרצון של התלמידים מביה"ס. אולם גם כאן היו לדבריה טעויות מדידה ולכן יש לקחת נתונים אלה "בעירבון מוגבל".
"יש לי חשש שהשתמשו בכלי ההערכה עד כה לצרכים לא ראויים והפכו אותם לתחרות דירוג לאומית", הוסיפה שרת החינוך, והבטיחה כי בהנהגתה ההערכה לא תיעשה עבור העיתונים, אלא "ככלי למערכת החינוך, לטובת המורים והתלמידים". לדבריה, משה"ח הסיק את המסקנות בעקבות מה שחשפה פרופ' בלר. הידע של מנהלת הראמ"ה יאפשר להקים מערך הערכה מכויל מהטובים בעולם. משה"ח שוקל להפוך לפחות חלק מהמיצ"ב למבדק פנימי, שיערוך המורה לכיתתו. כמו כן, יהיה כנראה המבחן ברכישת השפה בכיתה ב' לא אנונימי, כדי שניתן יהיה לעשות שימוש בתוצאותיו ולטפל בתלמידים שיתקשו באחד או יותר מהתחומים הנמדדים בו.
מנכ"ל משה"ח, שמואל אבואב, מנה את הצעדים שינקוט משה"ח לקראת בחינות המיצ"ב השנה (תשס"ז).
לדבריו, משה"ח יפעל לצמצום תופעה, הרווחת בחטיבות הביניים בעיקר, של תלמידים שאינם ממלאים את חוברת הבחינות. כמו כן תימנע הוצאתם של תלמידים חלשים מהכיתות כדי שלא ייבחנו במיצ"ב.
כדי להקטין את הפערים בין תלמידים משולבים ותלמידים רגילים, ישקיע משה"ח 40 מיליון ש"ח בקבוצות תגבור פרטני, שבכל אחת מהן 2-3 תלמידי שילוב.
11% מתלמידי כיתות ב', שלא עמדו בתקן באחד התחומים בעברית, יקבלו תגבור בקבוצות קטנות בתחום שבו נכשלו.
בנושא האקלים הבית ספרי אמר המנכ"ל, כי אנשי שפ"י גיבשו 7 סטנדרטים ואלה ישמשו להבא כמדד למדידת האקלים הבית ספרי.
אבואב גם הבטיח, כי משה"ח יערוך גיוס של מורים טובים לאנגלית, במיוחד למגזר הערבי, והשתלמות בת 300 שעות להתמקצעות של המורים למתמטיקה.