ב-15 השנים שחלפו מאז נוסד עיתון קו לחינוך, עמדו בראש משה"ח תשעה שרים; אמנון רובינשטיין, זבולון המר, יצחק לוי, יוסי שריד, אהוד ברק - שהחזיק בתיק החינוך מספר חודשים בעת שכיהן כראש ממשלה, לימור לבנת, מאיר שטרית, יולי תמיר וגדעון סער. מלבד לבנת, שכיהנה בתפקיד כמעט חמש שנים, היה זמן הכהונה הממוצע של שר במשרד כשנתיים בלבד. למרבית השרים גם הייתה זו כהונה ראשונה בתפקיד, ונדרשו להם חודשים לא מעטים כדי ללימוד את המערכת הגדולה והמורכבת שבראשה עמדו.
כל אחד משרי החינוך שכיהנו בתקופה זו ביקש להשאיר את חותמו על המערכת ולחולל בה שיפור באמצעות הנהגת תוכניות חדשות ואף רפורמות ויישומן. לא תמיד למד השר החדש מה עשו קודמיו כשכיהנו בתפקיד. לעיתים קרובות גם "מחקו" שרי החינוך בתחילת כהונתם את מה שעשו קודמיהם והפסיקו תוכניות שונות. כך בוטלו במהלך התקופה תוכניות כמו "בתי"ס בניהול עצמי", "רשתות ידע של בתי"ס", תוכנית למתן בונוסים למורים על הצלחה בבחינות הבגרות ועוד. עובדה מעניינת היא שחלק מהתוכניות החדשות לכאורה, שהציגו השרים, היו דומות לתוכניות שכבר הועלו על ידי קודמיהם ולא יושמו במלואן או נזנחו.
כך, למשל, כל אחד משרי החינוך האחרונים - לבנת, תמיר וסער, הציג תוכנית לצמצום האלימות בבתיה"ס. בכל התוכניות חוזרים מילים וביטויים, כמו "תקנון", "יד קשה כלפי תלמידים אלימים" ו"הרחקה מביה"ס". כך, למשל, מצוין בתוכנית למניעת אלימות בבתיה"ס, שהציגה לבנת ב-2005; "חובת תקנון בכל בי"ס, הכולל פירוט צעדי תגובה על הפרתו". גם בתוכנית החינוך שהציג שר החינוך הנוכחי, גדעון סער, באוגוסט 2008, מצוין בפרק העוסק במניעת אלימות בבתיה"ס; "כל בי"ס נדרש לפרסם תקנון ולהביאו לידיעת ההורים, המורים והתלמידים". התוכנית של לבנת מציינת "הטמעת נוהל פתיחת שיעור - קימה, בדיקת נוכחות, תלמיד תורן". את נושא הקימה בתחילת השיעור העלה לאחרונה גם שר החינוך הנוכחי.
נושא נוסף, שבו עסקו שרי החינוך רבות ב-15 השנים האחרונות, הוא שינוי מתכונתן של בחינות הבגרות. השרים ביקשו בעיקר לצמצם את ההיקף העצום של החומר שנדרשים התלמידים ללמוד לבחינות, ולהעלות את שיעור הזכאות לתעודת בגרות.
כבר בגיליון הראשון של קו לחינוך, מ-22.12.1994, דיווחה אחת מהכתבות הראשיות על הנהגתה הצפויה של שיטת הלח"ב - מקצועות ללא חובת בחירה, על ידי שר החינוך דאז, אמנון רובינשטיין. למי שכבר שכח, מדובר בשיטה לצמצום מספר מקצועות החובה לבגרות, מ-7 ל-4, שהונהגה בשנים 95'-98'. מידי שנה נערך אירוע טלוויזיוני, במתכונת הדומה להגרלת הלוטו, שבמהלכו הוגרלו ארבעת המקצועות. בשלושת המקצועות האחרים נרשם בתעודת הבגרות הציון השנתי הבית ספרי. לשיטה היו מתנגדים רבים, בעיקר ראשי המוסדות להשכלה גבוהה, שטענו כי הציון הבית ספרי בשלושת המקצועות לא ישקף רמת ידע זהה בבתי"ס שונים. שר החינוך הבא, זבולון המר, ביטל את שיטת הלח"ב, ובמקומה הנהיג את שיטת המיקוד, שבמסגרתה הופחת לארבע שביעיות חומר הלימוד לבגרות במקצועות השונים. גם שיטת המיקוד לא נחשבת להצלחה גדולה, ומומחים בתחום החינוך אף טוענים כי היא גרועה לא פחות מקודמתה. כך, למשל, מבקר את השיטה מאמר משנת 2007, של פרופ' דן עמיר, ששימש באותה עת יו"ר ועדת המקצוע במתמטיקה. במאמר, ששמו "בחינות הבגרות - מאין ולאן", מציין פרופ' עמיר, כי שיטת המיקוד מרדדת את בחינות הבגרות, ומונעת את היכולת לשאול שאלות אינטגרטיביות, מכיוון שחלקים מהחומר אינם נכללים בבחינה.
שרי החינוך שמונו בשנים שלאחר מכן פרסמו תוכניות משלהם לשינויים בשיטת הבגרות. כך, למשל, הסתמכה לבנת בתוכניתה על ועדת דברת, שהמליצה לצמצם את מספר מקצועות הבגרות לשמונה - שישה מקצועות חובה ושני מקצועות בחירה. התוכנית לא בוצעה. שר החינוך הנוכחי מציג גם הוא תוכנית לצמצום במקצועות הבגרות, אם כי הפעם במקצועות הבחירה. על פי התוכנית יצומצם מספר מקצועות הבחירה לבגרות בשנים הקרובות ב-25%.
דוגמה נוספת להכרזה של שר חינוך על תוכנית הדומה לתוכנית שכבר הוכרזה בעבר על ידי שר חינוך קודם; לאחרונה הכריז סער על תוכנית בשם "נעלה לירושלים". על פי התוכנית כל תלמיד יסייר בירושלים לפחות שלוש פעמים במהלך שנות לימודיו.
שר החינוך ציין; "התוכנית החדשה מקדמת את מדיניות העמקת הזיקה לערכים, למורשת ישראל ולירושלים. התוכנית מהווה הזדמנות לכל תלמידה ותלמיד להיחשף אל אוצרות ההיסטוריה והמורשת היהודית, הטמונים בירושלים".
תוכנית חדשה? לא בדיוק. בשנת 2005 הכריזה לבנת על תוכנית די דומה בשם "בשבילי ירושלים", שמטרתה הייתה לעודד תלמידים לבקר בעיר. ההבדל העיקרי בין שתי התוכניות, מלבד השם הוא, שבתוכנית של לבנת היה כל תלמיד אמור לבקר בירושלים פעמיים במהלך לימודיו במערכת החינוך, ובתוכנית של סער - שלוש פעמים.