המחלקה לספריות בתי"ס במשה"ח מסייעת מידי שנה לכ-700 בתי"ס יסודיים ועל יסודיים בהעשרת אוספי הספריות ומחשובן. הסיוע לבי"ס נע בין אלף ל-10 אלפים ש"ח. היקף התקציב השנתי של משה"ח לסיוע לספריות הוא 1.2 מיליון ש"ח. לפי נתוני סקר של לשכה המרכזית לסטטיסטיקה, היו ב-2005 ספריות ב-78% מבתיה"ס היסודיים וב-84% מבתיה"ס העל יסודיים. בסקר השתתפו 2,777 בתי"ס. בשנת תשס"ו הוקמו כ-30 ספריות חדשות בבתי"ס ברחבי הארץ על ידי הרשויות המקומיות.